circRNA pull down技術原理
目前，circRNA
pull
down技術絕大部分是基于接口序列設計探針捕獲circRNA及其結合蛋白。由于受限于接口處序列特征，很多circRNA無法設計出理想的探針，最終導致實驗失敗。
我司開發了一種新型的circRNA pull
down方法（已獲國家知識產權局發明專利授權，專利號：ZL 2021 1 1160837.9），通過構建circRNA過表達載體，使circRNA連上一段16nt的短RNA序列標簽（命名為F2），該標簽與其特異性配體具有很強的親和力，因此可利用該系統高效調取靶RNA序列及其結合蛋白。最終通過western
blot或LC-MS/MS實驗檢測洗脫液中靶RNA的潛在結合蛋白，還可通過qPCR實驗檢測能夠結合靶circRNA的miRNA。
（圖：circRNA pull
down發明專利證書—輝駿生物）
憑借10多年的 RNA 研究經驗，輝駿生物已掌握先進的 circRNA pull-down 技術，幫助您識別 miRNA/RBP 和 circRNA 之間的相互作用。每個項目都是完全定制的，以滿足您的科學需求，我們經驗豐富的團隊可以為任何個人要求提供靈活的解決方案，以更快的周轉時間和更低的價格向客戶保證最可靠和最有效的研究服務。如果您對circRNA pull-down有任何實驗問題，請隨時與我們聯系！
circRNA pull-down技術實驗流程
應用領域
circRNA pull down應用背景
環狀RNA（circRNA）是單鏈共價閉合的RNA分子，廣泛存在于各物種中。據報道，circRNA可作為轉錄調控因子、microRNA海綿和蛋白翻譯模板發揮生物學功能。
除此之外，circRNA還可以結合蛋白質來發揮作用，如：
與兩種蛋白均相互作用，促進或解離它們之間的相互作用。與一種蛋白相互作用，促進或解離其與另一種蛋白的相互作用。
與一種蛋白（如轉錄因子或酶）相互作用，促進或抑制其與靶DNA序列的結合。與一種蛋白（如調控mRNA剪接、穩定和翻譯的RNA結合蛋白）相互作用，促進或抑制其與其他RNA的結合。與一種蛋白相互作用，影響它的胞內運輸和定位（如核質轉運等），進而影響該蛋白的功能。以上這些作用模式又不是相互獨立的，而是可能存在重疊。
由于蛋白質是幾乎所有生命活動的直接效應分子，因此研究circRNA與蛋白的相互作用極大地拓展了我們對circRNA功能的認知。
circRNA pull down研究案例-客戶文章解析
circRHOT1通過激活NR2F6促進肝細胞癌進程
研究背景
利用在線數據庫對肝細胞癌(HCC)組織和癌旁組織的circRNA表達水平分析顯示，circRHOT1是在HCC中上調很明顯的一種保守性的circRNA，因此作者以circRHOT1為對象研究了其在HCC中的作用機制。
研究路線
Northern印跡、qRT-PCR、原位雜交等實驗確認了circRHOT1在HCC組織中高表達
體內和體外實驗證明circRHOT1促進HCC增殖、遷移和侵襲
RNA-seq等技術分析了circRHOT1缺失后的差異表達基因，其中NR2F6下調最多
CHIRP實驗發現circRHOT1富集在NR2F6啟動子轉錄起始位點
ChIP-qPCR等實驗顯示敲除circRHOT1影響了NR2F6啟動子轉錄起始位點組蛋白修飾，且RNA聚合酶II不能再結合該啟動子，circRHOT1促進NR2F6轉錄
ChIP和基因表達實驗表明circRHOT1對PIP60介導的NR2F6表達至關重要
表達和功能檢測發現NR2F6在腫瘤組織中上調，且促進HCC增殖、遷移和侵襲，circRHOT1通過激活NR2F6促進HCC進程
研究結論
circRHOT1通過募集TIP60蛋白到NR2F6啟動子來促進其表達，進而促進HCC進程。circRHOT1和NR2F6是HCC預后的潛在生物標志物，但由于在HCC患者中抑制circRHOT1較為困難，因此藥理學上抑制NR2F6可能更有希望。
客戶文獻
Wang L.Y. Circular RNA circRHOT1 promotes hepatocellular carcinoma progression by initiation of NR2F6 expression. Molecular Cancer. 2019. (IF= 27.401).
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