【研究內容】：該研究開發了一種分離 RNA 結合蛋白的新技術——RICK（Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry）：用EU(ethynyluridine)來標記細胞內的RNA，再將EU生物素化，利用核酸標記，將新合成的RNA標記上生物素，最后通過鏈霉親和素偶聯的磁珠，分離得到相應被標記RNA分子和與其相結合的蛋白分子，包括非polyA RNA和新生RNA在內的一系列RNA分子及其結合蛋白。RICK將促進對不同細胞和系統中總rnA結合蛋白質組的深入研究。

【研究內容】：通過分析轉錄抑制復合物NCoR/SMRT在不同細胞環境中的作用，發現該抑制復合物作為體細胞重編程中新的限制因素，對重編程因子誘導的相關基因表達調控起了至關重要的抑制作用，涉及的具體機制是該復合物中組蛋白去乙?；窰DAC3對目的基因進行了特異性組蛋白去乙?；揎?，從而導致重編程因子無法有效地激活內源性的多能性基因。

【研究內容】：本研究報道了特有囊泡運輸調控蛋白FREE1蛋白穿梭入核，在轉錄水平調控植物ABA信號的全新功能，并揭示了其作用機制。在本研究中，作者發現脫落酸（ABA）處理會導致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修飾并進入細胞核，在細胞核內FREE1蛋白會與ABA信號途徑的重要轉錄因子ABI5等互作并抑制其轉錄激活活性。其中，為了驗證FREE1蛋白中受ABA影響的磷酸化位點，作者用ABA處理樣本后，采用IP方法富集了FREE1和FREE1突變體，之后用LC-MS/MS技術檢測了FREE1及其突變體的磷酸化位點。

【研究內容】：骨關節炎和軟骨退變過程中，WNT/β-catenin被激活的機制尚未完全明確，本研究利用iTRAQ蛋白質組學技術，篩選了年輕（2月齡）和老齡（12月齡）小鼠的蛋白表達差異，并發現一種在老年軟骨中強烈上調（12.47倍）的蛋白——酪氨酸激酶Fyn，后續 Western Blot實驗和動物實驗都證實了這一結果。為了探究Fyn促進骨關節炎發展的機制，作者將免疫沉淀（IP）與蛋白質組學分析相結合，以鑒定軟骨原代細胞系ATDC5中的Fyn相互作用蛋白，并在純化的復合物中發現了β-catenin的肽序列，表明β-catenin潛在的結合伴侶Fyn。最終證明酪氨酸激酶Fyn可以通過激活β-catenin通路促進關節炎。

【研究內容】：本研究探討了microRNA（miRNA）在結直腸癌(CRC)是中的作用，發現CRC組織中miR-500a-5p的低表達與CRC惡性發展相關。在CRC細胞中過表達miR-500a-5p可使其G0/G1期阻滯，抑制其生長和遷移。從機制上講，miR-500a-5p直接結合HDAC2基因并抑制其介導的裸鼠大腸癌細胞增殖。轉錄因子YY1與miR-500a-5p的啟動子結合并負調控其轉錄，且miR-500a-5p的水平還受到p300/YY1/HDAC2復合體的協同調控。小鼠模型實驗也表明miR-500a-5p表達可顯著抑制腫瘤的發展。該研究為結直腸癌治療提供了新的潛在候選基因。

【研究內容】：環狀RNA(circRNA) 在組織發育、基因調控和癌癥發生中起著重要作用，但其是否編碼功能蛋白仍不清楚。本研究對膠質母細胞瘤標本及正常腦組織進行了circRNA深度測序，用Northern-blot、Sanger測序、抗體和LC-MS/MS檢測證實了circ-FBXW7及其編碼蛋白的存在。進一步的功能研究顯示circ-FBXW7編碼的小肽能抑制癌細胞的增殖和細胞周期加速，其通過拮抗USP28誘導的c-Myc穩定作用降低了c-Myc的半衰期。臨床數據表明，circ-FBXW7和FBXW7-185aa對腦癌具有潛在的預后意義。

【研究內容】：本研究發現了一個長鏈非編碼RNA(LncRNA)——LAMP5-AS1，研究了其與MLL白血病發展和白血病細胞維持干細胞性的功能相關性，通過RNA pull down、FISH等一系列實驗證明了LAMP5-AS1與DOT1L甲基轉移酶活性的關系，并對LAMP5-AS1干擾/過表達情況下DOT1L下游靶基因的甲基化修飾水平進行了檢測。該研究證實了LAMP5-AS1在MLL白血病細胞的自我更新過程和分化阻滯中所起的重要作用，其對維持DOT1L在MLL白血病中的高酶活性具有重要意義，可能成為治療MLL白血病的一個有價值的靶點。

【研究內容】：這項研究發現HBV相關性肝細胞癌患者腫瘤中的SALL4或PD-L1表達與miR-200C水平呈負相關，且SALL4或PD-L1水平低而miR-200C水平高的患者生存期較長。高水平的miR-200C直接靶向CD274 (編碼PD-L1)來降低其表達，并逆轉抗病毒CD8+T細胞的耗竭。作者發現，成年期HBV誘導導致STAT3激活，使SALL4蛋白重新表達，從而抑制miR-200c轉錄。HBV-pSTAT3-SALL4-miR-200C信號通路可調節PD-L1的表達，針對該通路的治療策略可能會逆轉病毒誘導的免疫衰竭。

【研究內容】：本研究報道了特有囊泡運輸調控蛋白FREE1蛋白穿梭入核，在轉錄水平調控植物ABA信號的全新功能，并揭示了其作用機制。在本研究中，作者發現脫落酸（ABA）處理會導致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修飾并進入細胞核，在細胞核內FREE1蛋白會與ABA信號途徑的重要轉錄因子ABI5等互作并抑制其轉錄激活活性。其中，為了驗證FREE1蛋白中受ABA影響的磷酸化位點，作者用ABA處理樣本后，采用IP方法富集了FREE1和FREE1突變體，之后用LC-MS/MS技術檢測了FREE1及其突變體的磷酸化位點。

【研究內容】：本研究探討了泛素相關蛋白樣因子2 (UBAP2L)在應激顆粒(SG)動態調控中的細胞和分子機制，發現UBAP2L蛋白在SG的組裝和拆卸中都是必需的。其UBAP2L的RGG (Arg-Gly-Gly)基序介導SG組分（包括mRNP、RBP和核糖體亞基等）的招募；UBAP2L的未知功能域(DUF)與G3BP1/2蛋白相互作用，其缺失導致了UBAP2L和G3BP1/2的胞質-核轉運，從而影響SG的形成。蛋白質精氨酸甲基轉移酶PRMT1通過靶向RGG基序使UBAP2L不對稱二甲基化。精氨酸甲基化的增加抑制了UBAP2L與SG組分的相互作用，且抑制了SG的組裝。這些結果為UBAP2L調節SG動力學和RNA代謝的機制提供了新的見解。

【研究內容】：FEN1是多功能的，含特殊結構的核酸酶，它在維持人基因組的穩定性中有重要作用。人癌癥樣本中，檢測到有FEN1突變的，這種突變顯示基因組的穩定性變差和癌變傾向。然而，FEN1功能缺失與癌癥易感性的關系并不清楚。在本研究中，作者發現了新的與直腸癌相關的FEN1突變，L209P。該突變缺乏FEN1的側翼內切酶活性、外切酶活性及缺口內切酶活性，但保留了DNA結合特性。體內和體外實驗表明，L209P突變子能干擾野生型FEN1的功能。且表達L209P突變的細胞，對基因損傷更敏感，從而導致細胞內基因組的不穩定和細胞轉化；同時，移植L209P突變細胞的模型小鼠會長出腫瘤。這些數據表明，人癌癥相關FEN1遺傳改變，非常有利于癌癥的發展。

【研究內容】：通過分析轉錄抑制復合物NCoR/SMRT在不同細胞環境中的作用，發現該抑制復合物作為體細胞重編程中新的限制因素，對重編程因子誘導的相關基因表達調控起了至關重要的抑制作用，涉及的具體機制是該復合物中組蛋白去乙?；窰DAC3對目的基因進行了特異性組蛋白去乙?；揎?，從而導致重編程因子無法有效地激活內源性的多能性基因。